АКПП для плавных переключений нужен от двигателя определенный, и прежде всего стабильный момент. Ваще в ЭБУ двигателя заложена моментная модель управления, дроссель и пр. параметры вторичны и определяются запрашиваемым моментом.
На правильную работу двигателя влияют многие тонкости, неисправности (и глюки софта), качественная и правильная масса есть главное условие нормальной работы всех аналоговых и цифровых цепей. Где-то окислилось, где-то отошло, где-то затекло - и пошли проблемки, мелкие и крупные.
Я тут попробовал "послушать" CAN-шину через ELM327, только включаешь зажигание - ELM сразу захлебывается, по шине начинается интенсивный обмен данными между блоками, в т.ч. между коробкой и двигателем (ихними ЭБУ).