В результате телефон не видит установленные ранее программы.
Ну а программы как устанавливаются? Основная часть на флешку, какая то запускающая часть на внутренюю память аппарата, в результате теряются пути.
Если возможно то проще переустановить программы, за одно все лишние хвосты уберутся.