Miratvorets311, откуда уверенность, что в обнаруженых отверстиях должны быть заглушки?
В каких именно отверстиях нет заглушек?
Конструктивно лонжероны должны иметь окна для вентиляции, иначе внутри будет баня.
Вода внутри короба это вовсе не страшно, если ей есть куда вытекать.
Если есть непреодолимое желание заглушить дырки - заклеиваем их малярным скотчем, сверху замазываем битумной мастикой.
Древовидный вид